Podlaskie Muzeum Kultury Ludowej powstało we wrześniu 2016 roku w wyniku połączenia Białostockiego Muzeum Wsi i Działu Etnografii, wyłączonych ze struktur Muzeum Podlaskiego w Białymstoku. Pracownia etnograficzna powstała w 1962 roku. Natomiast skansen założono w 1982 roku jako Oddział ówczesnego Muzeum Okręgowego w Białymstoku. Projekty ochrony drewnianego budownictwa regionu białostockiego poprzez stworzenie muzeum typu skansenowskiego powstały już w latach sześćdziesiątych.
Autorem jednego z pierwszych założeń programowych był prof. Ignacy Tłoczek, będący także projektodawcą skansenu w Ciechanowcu. Ostatecznie przyjęto do realizacji projekt prof. Mariana Pokropka, zakładający odtworzenie całych układów osadniczych występujących w północno-wschodniej Polsce, takich jak: szeregówka, ulicówka, przysiółek drobnoszlachecki, zabudowa kolonijna oraz zespoły dworski i leśny. W założeniach programowych profesora Pokropka ówczesne Białostockie Muzeum Wsi miało prezentować formy osadnicze północno-wschodniej Polski, bez wyraźnego odnoszenia ich do poszczególnych regionów geograficzno-kulturowych, czy też grup etnograficznych. Przyjęcie właśnie takiego programu realizacyjnego miało zachować „neutralność”, a tym samym i wierność realiom Białostocczyzny, jako obszaru pogranicznego, gdzie mieszały się wpływy ościennych narodowości ale także i grup etniczno-wyznaniowych takich, jak Żydzi, czy Tatarzy. Dla nowopowstającego muzeum skansenowskiego wybrano formę typu „wieś”, jako najpełniej odzwierciedlającą naturalny krajobraz kulturowy wiejskich osad północno-wschodniej Polski, z uwzględnieniem także ich przyrodniczego tła. Obszar przewidywany na realizację tak obszernego planu liczył ponad sto hektarów, położonych w trójkącie między rzeką Supraśl, torami kolejowymi linii Białystok-Sokółka oraz drogą Białystok – Suwałki. Teren ten charakteryzował się dość zróżnicowanym układem gruntów, w znacznej części był zalesiony. Planowano odtworzenie układu pól, sadów łącznie z całym systemem dróg łączących poszczególne jednostki osadnicze. W oparciu o zarysowane powyżej założenia programowe przystąpiono do realizacji budowy białostockiego skansenu, napotykając na różnorodne trudności wynikające z braku odpowiedniej kadry pracowników merytorycznych i technicznych, a także zaplecza biurowo-konserwatorskiego i magazynowego. W ramach Muzeum Okręgowego przystąpiono do organizowania tego niezbędnego zaplecza pod kierunkiem Janiny Hościłowicz i Tamary Samul. W prace związane z wyszukiwaniem obiektów architektonicznych w terenie oraz nadzorem w czasie ich translokacji zaangażowano Dział Etnografii, którym kierowała Halina Jakubowska. W tym też czasie rozpoczęto gromadzenie zabytków ruchomych, które docelowo miały stanowić wyposażenie budynków. W 1984 roku przeniesiono na teren skansenu pierwszy budynek – kuźnię z Gródka. Intensywne prace budowlane trwały do roku 1991, kiedy ograniczono środki finansowe na dalszy rozwój skansenu. Do tego czasu udało się przenieść trzy kompletne zagrody na teren, gdzie odtwarzano przysiółek drobnoszlachecki, odtworzyć zagrodę leśną i przenieść dwór wraz ze spichlerzem do przyszłego sektora prezentującego budownictwo dworskie.
Do skansenu translokowano również wiatrak, młyn wodny oraz kuźnię. Ogółem udało się przenieść do początku lat dziewięćdziesiątych blisko trzydzieści budynków. Powstało zaplecze z pomieszczeniami biurowymi, magazynowymi oraz stolarnią. W listopadzie 1994 roku wybuchł pożar, w wyniku którego spłonęło doszczętnie dziewięć budynków, dziesiąty udało się uratować, ale z przeznaczeniem już tylko na cele pozaekspozycyjne. Wśród straconych budynków był najstarszy obiekt w skansenie – stodoła z połowy XVIII wieku, a także dwa unikalne maneże służące do ochrony drewnianych kieratów. Strata blisko jednej trzeciej posiadanych obiektów oraz brak możliwości realizacyjnych, wynikający głównie z ograniczonych środków finansowych przyczyniła się do znacznego ograniczenia ambitnych planów przyjętych do realizacji w latach osiemdziesiątych. Obszar skansenu ograniczono do blisko trzydziestu hektarów, rezygnując z odtworzenia dalszych układów osadniczych poza istniejącym już przysiółkiem drobnoszlacheckim. Tak znaczne ograniczenie obszaru skansenu pozwoliło na jego ogrodzenie oraz zabezpieczenie wielu budynków instalacjami alarmowymi. Od końca lat dziewięćdziesiątych rozpoczęto ponowne translokowanie do skansenu obiektów architektonicznych, w tym chałupy ze Starej Grzybowszczyzny, trzech stodół oraz dwóch spichlerzy i dwóch niewielkich wiatraków. Ograniczenie powierzchni skansenu wiązało się z rezygnacją z odtwarzania całych zespołów osadniczych ulicówki i szeregówki. Pojedyncze zagrody związane z tymi układami osadniczymi zostaną rozmieszczone pomiędzy już istniejącymi zespołami zabudowy. Takie rozwiązanie przyniesie połączenie założeń cechujących muzea typu wieś z parkami etnograficznymi.
Przyjęcie nowej koncepcji, czyli utworzenie Podlaskiego Muzeum Kultury Ludowej, poprzez połączenie Białostockiego Muzeum Wsi i Działu Etnografii Muzeum Podlaskiego, pozwala żywić nadzieję, iż nastąpi dalszy systematyczny rozwój skansenu.